Да, вы можете удалять эндпоинты, тарифицируемые по посекундному тарифу, в любое время. Удаление предоплаченного эндпоинта произойдёт автоматически после истечения срока предоплаты.
Связанные виртуальные машины и выделенные серверы в обоих случаях удалять отдельно не нужно, они удалятся автоматически.