Перед удалением виртуальной машины ее нужно выключить с помощью команды Stop в выпадающем меню «Действия». Когда статус виртуальной машины изменится на Shutoff — удалите ее (функция Delete) или освободите ресурсы (функция Shelve).
Про то, как не платить за выключенную виртуальную машину читайте тут.
Важно: перед удалением Виртуальных машин типа Local — сделайте снимок, если это необходимо.